3 questions à Caroline Achard sur la métagénomique

Caroline Achard, chercheuse au Centre d’excellence Lallemand de Toulouse  (dédié aux monogastriques) est spécialisée en biologie moléculaire et en métagénomique.

 

Caroline, nous voyons aujourd’hui de plus en plus d’études de métagénomique. Qu’apportent celles-ci en matière de production animale, dans la pratique ?

Il est aujourd’hui bien accepté que le microbiote intestinal est en étroite interaction avec son hôte et joue un rôle crucial dans la protection de la santé intestinale. Chez l’humain, divers troubles et maladies ont été associés à un déséquilibre du microbiote. Nous sommes convaincus que l’établissement d’un microbiote bénéfique chez le jeune animal peut améliorer sa robustesse, sa santé et, au final, offrir de meilleures performances. Il est donc important de mieux comprendre la dynamique du microbiote. Les études de métagénomique nous offrent une meilleure compréhension de la composition et de la fonction potentielle du microbiote. La plupart des études publiées aujourd’hui s’appuient sur le séquençage d’amplicons, également appelé « barcoding moléculaire » (codage à barres) ou séquençage de l’ARNr 16S. Ces études utilisent un seul gène marqueur, qui sert de « carte d’identité » pour les bactéries. Elles nous donnent accès à la composition du microbiote sans avoir à réaliser un séquençage complet du métagénome. Ces études nous aident à mieux comprendre l’impact de nos solutions actuelles sur le microbiote hôte et, potentiellement, à découvrir les solutions de demain.

Quel lien peut-on faire entre les études de métagénomique et les fonctions des microorganismes ?

La métagénomique est un excellent outil pour prévoir les fonctions potentielles des bactéries présentes dans un écosystème, en se fondant sur la comparaison de bases de données de voies fonctionnelles. Il est important de garder à l’esprit que ces bases de données sont générées et entretenues grâce aux observations faites sur des souches de bactéries cultivables et représentatives. Pour confirmer que ces fonctions s’expriment réellement, nous utilisons d’autres techniques telles que la métabolomique, qui est la caractérisation d’un ensemble complet de métabolites synthétisés par le microbiote.

Pouvez-vous nous faire part des derniers résultats de vos travaux ?

Grâce aux analyses de séquençage de l’ARNr 16S, nous avons démontré que l’administration de la levure probiotique Saccharomyces cerevisiae boulardii CNCM I-1079 (LEVUCELL SB) à des truies durant la gestation et la lactation avait un impact bénéfique sur la composition de leur microbiote intestinal, qui se répercutait sur leurs performances. Fait intéressant, l’administration de la levure a également modulé le microbiote des porcelets. Ce processus d’empreinte maternelle sur le microbiote du porcelet a perduré même après le sevrage et s’est traduit par de meilleures performances chez les porcelets. Notre équipe mène actuellement des études dans tous les domaines d’application couverts par nos solutions, sur diverses espèces du microbiote, mais également dans l’ensilage et l’environnement des animaux.