3 questions à Sylvie Binda, Directrice de la R&D en Bioprocessus & Technologie

Tandis que le génome humain est constitué d’environ 23 000 gènes, le génome du microbiome code pour plus de trois millions de gènes susceptibles de produire des milliers de métabolites présentant des fonctions métaboliques pour l’hôte.

La recherche sur le microbiome en médecine humaine ainsi que ses manipulations pour améliorer la santé humaine sont aujourd’hui bien avancées. Elles constituent une perspective prometteuse et réaliste de ce que pourrait apporter à l’avenir la modulation du microbiote pour la nutrition et le bien-être des animaux.
Nous avons donc décidé de faire appel à nos collègues de Lallemand Health Solutions, pionniers de la recherche et développement dans le domaine des probiotiques, pour faire le point sur nos connaissances en matière de microbiome humain et sa manipulation en médecine humaine.

Est-il possible de définir un microbiome « normal » chez l’homme ?

Il existe une variabilité interindividuelle qui dépend de l’alimentation, du patrimoine génétique, de l’âge, de l’environnement, etc. De façon générale, les adultes en bonne santé présentent toutefois une abondance relative élevée de bactéries des phyla Bacteroidetes et Firmicutes (les deux peuvent même représenter 80 % de la composition du microbiote intestinal) et des proportions plus faibles des phyla Proteobacteria, Actinobacteria, Fusobacteria et Verrucomicrobia. Au sein de ces phyla, des centaines d’espèces bactériennes contribuent à l’homéostasie intestinale.

Les scientifiques considèrent de plus en plus ce microbiome comme un organe. Un organe « virtuel », certes, car il est difficile d’en délimiter les frontières, mais un organe aussi important que les 80 autres qui constituent le corps humain. Une altération de la communauté microbienne intestinale est associée à diverses affections intestinales, mais également au cancer, à l’obésité, au  diabète, à l’autisme et à divers troubles intestinaux.

Comment la recherche sur le microbiote a-t-elle évolué récemment ?

En seulement une décennie, un grand nombre de connaissances ont été acquises sur la localisation, la composition, la stabilité dans le temps, les changements et les facteurs liés à l’hôte susceptibles d’influer sur notre microbiome. Au cours des années 2010, les technologies de séquençage sont devenues plus faciles à manipuler et moins onéreuses. Il en est résulté un véritable essor de la recherche universitaire autour du microbiome avec une augmentation significative des recherches cliniques (plus de 2 000 études cliniques sont actuellement enregistrées dans le monde). La finalité de cette course au microbiome est de réussir à obtenir des résultats qui déterminent si les traitements du microbiome, comme la transplantation fécale, fonctionnent chez l’homme.